《黄帝内经》囊括过程、枢机、结构领域，但以过程的描述、枢机的描述为主。景象显而境界愈小，景愈藏而境界愈大。玄之又玄于天地之间，游行出入于万物之初。神气形相合实现生命的大一统，天地人相合实现自然的大一统。道气数序类描述自然过程、运动方式、作用方式、作用序列与类别异同，机化态势象描述变化枢机、变化发生、变化方式、变化属性与表征显现。自然及生命过程中存在着美与和谐，中和通标志相互关系的最佳状态。道在惚兮恍兮的微妙之中，气在无形无限的动静之间，数是宇宙演化的韵律，象是时空运变的光华……
道、气、数、序、类、机、化、态、势、象等是《黄帝内经》的基本概念范畴；阴阳、五行、脏象、经络、病因、病机等则属于二级概念范畴；摄生、诊道、治道、本草、方剂、针灸等，则属于三级概念范畴。于是，抛弃其基本概念范畴，曲解其二级概念范畴，替换其三级概念范畴，则成为使医道改弦易辙而与西医学接轨的先决条件。因此，首先认识《黄帝内经》就成为登堂入室、直通医道的唯一途径；重新认识《黄帝内经》就成为弃旧图新、感悟医道的反归捷径；共同认识《黄帝内经》就成为正本清源、复兴医道的根本途径。
但是，认识《黄帝内经》，必如《移精变气论》所言：“去故就新，乃得真人。”不断抛弃已有的旧学，才能获得全新的医道。老子说：“为学者日益，为道者易损。”不解决关于自然、生命本原及其时空层次的认识，不解决医道的认识对象、思维方式、研究方法、概念范畴、理论纲纪、实践目标等一系列重大问题，沿用近几年来形成的现代“中医学”思路、观念、成见、方法和价值标准，必将误人子弟而使其误入歧途。（所以，探索医道的原理及其运用，重新阐发上述诸多基本理论问题，乃是这次注译《黄帝内经素问》的重点所在。）
医道的认识对象主要在生命过程，而非人体结构。生命过程的主导在神气，而形器只是神气之载体。如《周易》所言：“形而上者谓之道，形而下者谓之器。”《阴阳应象大论》中的“治病必求于本”、《生气通天论》中的“生之本，本于阴阳”，就是指人的生命过程这个根本，而不是指疾病本身，或作为其载体的人体结构。《移精变气论》之“标本已得，邪气乃服”、“标本不得，亡神失国”，强调了标本相得的重要性。《汤液醪醴论》则谓：“病为本，工为标；标本不得，邪气不服。”病人与医生之间，病人为本，医生为标；病人与疾病之间，病人为本，疾病为标。人和则无病，人失和则病。中医调于人而病自治。
医道的实践目标在于生命的全面自主实现、全面自由发展与全面自我和谐。中医不是治病的医学，而是调人的医道。《黄帝内经》推崇摄生的自稳、自调、自控与自和、自生、自化，而治道亦以促进其自稳、自调、自控与自和、自生、自化为目标。《黄帝内经》称摄生者为人，并将其分为与道同生的真人、通达于道的至人、顺从于道的圣人、符合于道的贤人。而称医治者为工，并将其分为“上守神”的上工、“守门户”的中工、“粗守形”的下工。
摄生的最高境界在于“神调”，《上古天真论》以之区别摄生的层次，《四气调神大论》以之显示时空的效应，《生气通天论》以之阐述天人的通达。诊道的最高境界在于“神诊”，从而有《八正神明论》中关于“形乎形”与“神乎神”的精彩描述。治道的最高境界在于“神治”，《宝命全形论》谓“一曰治神”、“必先治神”，《移精变气论》谓“得神者昌，失神者亡”，《玉版论要》则开门见山：“道在于一。神转不回，回则不转，乃失其机。”潜心内视，自在如一，见微知著，出神入化，圆通活法，神用无方，始得医道之真谛。而审病求机，随机变法只是守门户之治。
《五运行大论》中载：“夫数之可数者，人中之阴阳也。然所舍，数之可得者也。天地阴阳者，不以数推，以象之谓也。”《示从容论》中载：“不引比类，是知不明”、“明引比类从容”、“是谓至道”。取象比类、从容综合是认识自然和生命过程的重要方法，这一认识根源于宇宙的共性、自然的和谐。“循法守度，援物比类，化之冥冥”。如是则可掌握机变于莫测之间，出神入化于冥冥之中。
阴阳五行、三元六气、四象八卦，不是朴素的唯物论和自发的辩证法，而是自然过程中最基本的数序。各类数序中不是指具体的“物质”、“结构”、“功能”、“形态”，而是对相互作用方式的归类，也可作为我们认识自然和生命过程的至简至易。至简才能通用。从而可用以标志标定多维时空方式、多维时空态势、多维时空效应，于是可包括现代理论物理关于闭合空间、绝对空间、动态量子化弯曲空间运变的全过程，亦可完成对现代生命科学关于物质、能量、信息开放系统的统一描述。
被斥为“封建迷信”，或“有一定合理成分”，或“古代朴素气象学”，而在教学中删去的七篇运气大论，乃是人类关于时空运变节律性周期的认识，是中华民族的大贡献，是中华医道的大经纬。地球自转出现日节律昼夜阴阳之象，地球公转形成年节律五运六气之序。星拱天心，神旋魁柄，十二月指遍四方二十八宿，历二十四节气，七十二候，乃合周天公度之数。五星会聚，日心自旋，沿周天三百六十公度而有六十年周期、三百六十年周期等。太阳系自旋、公转，银河系自旋、公转，乃有更大的节律性时空运变周期。天道轮回、地质演变、生命进化尽在其中，时空方式、时空态势、时空效应无所不包，岂止气候之应、形器之感、疾病之生区区微域。
被解释成“组织器官”的五脏六腑，其实是关于最基本的生命运动方式的分类。所属经脉网络，则展示了过程及枢机领域中神、气游行出入与转输交会的壮丽图景（当然也包括了能量、信息的控制、反馈、协调、传递等生命活动），而不是今人在试验室里千辛万苦地寻找的结构性“气血运行的通道”。《灵兰秘典论》、《六节脏象论》、《宣明五气篇》等揭示了生命三元神、气、形的脏腑归类。《三部九候论》中指出神脏、形脏之别，是作者已知千载之后废道异学的症结所在，因此在《素问》与《灵枢》中均反复强调神、气、形的区别，并谓“知其要者，一言而终；不知其要，流散无穷”。